Неутомимый и гениальный ученый, практически развивавший свои идеи, несмотря на сопротивление внешней среды. Создал непревзойденный сорт подсолнечника, экспериментировал с созданием передовых образцов масличных культур.

Родился в селе Тарановка Харьковской области. Окончил местную школу и шестиклассное городское училище в городе Змиёве. В 1907 году окончил Харьковское земледельческое училище, а в 1908 году — педагогический класс при нем. В 1908–1918 годах преподавал в Кубанской войсковой сельскохозяйственной школе, по совместительству работал агрономом в станице Петропавловской Курганинского района Краснодарского края.

Впервые на Кубани (а, возможно, и на юге России) заложил многопольный севооборот, в который включил пары, озимую и яровую пшеницу, овес, ячмень и кукурузу. Кукурузе предрекал на Кубани большое будущее. В севооборот также включил подсолнечник, многолетние травы, кормовую и сахарную свеклу. Внедрил на Кубани протравку семян пшеницы перед их высевом для защиты от болезней.

В августе 1930 года был арестован по ложному доносу и осужден на 10 лет лагерей. В заключении занимался селекцией местных культур. В мае 1934 года был досрочно освобожден и назначен директором Центрального опытного поля Карагандинского лагеря. Вывел на созданном им опытном поле урожайный сорт ржи и два вида проса («долинские»).

Считается основоположником научного земледелия на Кубани, где начал селекцию пшеницы, клещевины, ржи, проса и подсолнечника, создав более 34 сортов, включая непревзойденный сорт «Передовик». Его труды привели к увеличению урожайности и качества сельскохозяйственных культур.

Использовал метод индивидуального отбора и последующей оценки потомств для создания устойчивых сортов подсолнечника. Отбирал родоначальные растения с высоким уровнем масличности и затем оценивал семьи потомков, чтобы выбрать те, которые обеспечивали наивысший сбор масла с гектара.

Пустовойт — дважды Герой Социалистического Труда, лауреат Ленинской (1959) и Сталинской (1946) премий. Он внедрял новые методы селекции и агротехники, что привело к значительному улучшению сельскохозяйственного производства. Память о нем сохранилась в виде памятников, мемориальных досок и в названии улиц.